Pewnego dnia na Ziemi otworzyły się tajemnicze portale prowadzące do 4 współistniejących wymiarów, a wraz z nimi tajemnicze potwory zwane Ouroboros chcące ich zagłady. W obliczu realnego zagrożenia w Specjalnej Akademii na Wyspie Seiran znajdującej się na Pacyfiku zgromadzono dziewczęta z różnych wymiarów zwane Progress mogące używać specjalnych umiejętności ,,Exceed" zależnych od ich więzi z Jeźdźcem α. Ich zadaniem jest zapobiegnięcie końcowi świata.