Niegdyś w pewnym Japońskim miasteczku Fuyuki toczył się rytuał zwany Wojną Świętego Graala, w którym brali udział Magowie i Duchy Bohaterów. Jednakże pewien Mag wykorzystał chaos panujący podczas II Wojny Światowej, aby wykraść Święty Graal. Minęło kilka dekad, a ród Yggdmillennia, który przywłaszczył sobie Świętego Graala, odłączył się od Stowarzyszenia Magów. Wściekłe Stowarzyszenie wysłało swoje siły, aby rozprawić się z rodem Yggdmillennia, lecz zostali rozgromieni. Po wprowadzeniu zmian w systemie Świętego Graala wybuchła wojna na niespotykaną dotąd skalę.