Historia rozgrywa się w 2015 roku, podczas ostatniej ery, w której Magia wciąż sprawuje władzę. Organizacja zajmująca się przetrwaniem i bezpieczeństwem ludzkości o nazwie Chaldea została założona, aby obserwować świat, który można dostrzec tylko za pomocą Magii i świat, który można zmierzyć tylko za pomocą nauki - a także aby zapobiec ostatecznemu wyginięciu ludzkości. Dzięki wysiłkom wielu badaczy, udało się zabezpieczyć ścieżkę ludzkiej historii na kolejne sto lat. Jednakże, bez ostrzeżenia, sfera przyszłości, która była pod stałą obserwacją Chaldea'i, zanikła. Wyginięcie ludzkości w 2017 roku zostało zaobserwowane - nie, potwierdzone. Pozorna przyczyna wyginięcia znajdowała się w japońskim mieście Fuyuki w 2004 roku. W mieście tym istniała "nieobserwowalna sfera", która nigdy wcześniej nie istniała. Chaldea wydała Grand Order "Wyprawy Świętego Graala" w celu zbadania, odkrycia i ewentualnego zniszczenia Osobliwości, która najwyraźniej spowoduje wyginięcie ludzkości.