Akcja Mars Red rozgrywa się w roku 1923. Wampiry istniały już wiele lat przedtem, jednak teraz ich liczba gwałtownie wzrasta, a do tego pojawiło się tajemnicze źródło sztucznej krwi- Ascra. Japoński rząd w odpowiedzi utworzył jednostkę wojskową Code Zero, której zadaniem jest eliminacja wampirów. A kto nada się do tego lepiej niż same wampiry? Uformowany przez generała porucznika Nakajimę oddział służył w przeszłości do celów wywiadowczych, jednak teraz został przydzielony do rozwiązywania problemów z wampirami.